（1）水体消毒
臭氧在水处理中的主要用途是消毒。在水消毒估算臭氧投放量时，必须考虑所要求的消毒程度、进水类型和水质稳定性。经过预处理去除水中主要耗氧因素，如亚硝酸盐、色度、悬浮物以后，臭氧投量可减少90%。臭氧可增加生物有机体细胞的通透性，使细胞内物质外流而失活，破坏细胞内酶系统或进入细胞内破坏其核酸化学性质，因此能灭菌和消毒。
（2）臭氧对赤潮的解毒作用
赤潮的危害是由赤潮生物的有害物质或有害代谢产物引起的。赤潮生物大量繁殖可导致水体缺氧。赤潮生物产生的有毒代谢物使水质恶化，这对海产生物幼体的生存十分不利。在海水鱼虾育苗中，因赤潮而引起苗种大量死亡的事故时有发生。有报道采用添加化学物质的方法，然而在海水养殖设施内用这种方法来控制赤潮并不是很理想。外国有人研究出臭氧对赤潮毒素也有灭活作用。用臭氧处理发生过赤潮的海水，再供水族馆、海水养殖场，是一条安全有效的途径。
（3）改善水质和预防水生动物疾病
臭氧能够改善水质，对预防水生动物疾病有较好的效果。在闭路循环养殖水体中，运行中的主要问题有有毒物质的积累，特别是氨氮和亚硝酸盐。当这种水循环系统生物负载增加，浮床的硝化作用不完全，废物在24小时内发酵分解便可达有毒程度。但引入臭氧后，闭路海水系统在24小时内相对稳定，氨氮和亚硝酸盐的积累明显下降。
（4）贝类净化
在法国和美国等国家。用臭氧净化贝类已成为商业国模，被污染的杜蛎经臭氧处理后得到了净化；臭氧可在48小时内有效地去除污染的大肠菌类。我国的海、淡水贝类资源相当丰富，但由于近海沿岸水体污染，导致资源利用受到限制。如，食用被污染过的毛蚶携带甲肝病毒的情况进行研究，探讨臭氧对毛蚶体内甲肝病毒的杀灭机制，用臭氧净化毛蚶有可能是一条可取之路。关于臭氧净化贝类的实用性研究，有待进一步研究。
