臭氧发生器是一种强氧化剂，而且还有一个特性就是很活跃，容易和空气的氧原子结合生成氧气，边产生边还原，消毒彻底无残留无死角无二次污染，消毒期间人不能处在该区域中，长期处在有臭氧的环境对人体有伤害，臭氧分解的时间一般为30-60分钟，消毒30-60分钟后方可入室工作。
紫外线灯管消毒期间人也不可以长时间留在该区域中，因为紫外线对皮肤对眼睛都会造成一定程度的伤害。紫外线灯管相对臭氧杀菌效果并不彻底，照射不到的地方基本上无法灭菌，且需要的时间较长。
两者在一定的程度上是可以相互代替，但有写地方不太适合，如家用的饮用水可以用臭氧来杀菌，而就不能用紫外线来杀菌，而要是对卧室的空气进行消毒的话，两个是可以相互代替工作使用的。
紫外线灯照射消毒的主要问题在于：穿透能力弱，在紫外线照射不到的地方，消毒效果不好，其杀菌能力随着使用时间的增加而减小。一张纸、一层布都会挡住射线，而且存在死角，灭菌作用随菌种的不同而产生很大的差异，如杀霉菌的照射量要比杀杆菌增加40~50倍。同时，湿度对灭菌效果影响也很大。另，紫外线灯管寿命短，更换过于频繁，运行费用高，性能不够稳定。
臭氧为气体消毒剂，可杀灭细菌繁殖体和芽孢、病毒、真菌等，并可破坏肉毒杆菌素,杀菌能力强。广谱性适合多种致病微生物，对大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌及甲乙型肝炎病毒、真菌等多种微生物均有很好的杀灭作用。
应用臭氧灭菌是利用臭氧取之于自然，作用后又自行还原于自然，快速自然分解为氧的特性，经济安全、无二次污染。臭氧灭菌是一种常温灭菌，能完全解决许多不能耐高温物品的消毒问题。
